MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus helveticus H10 plasmid pH10

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017468	TAT	2	6	289	294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814793
2	NC_017468	ATT	2	6	311	316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814793
3	NC_017468	AAT	2	6	326	331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814793
4	NC_017468	CTT	2	6	364	369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814793
5	NC_017468	TGA	2	6	387	392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814793
6	NC_017468	CAG	2	6	393	398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814793
7	NC_017468	AGA	2	6	403	408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814793
8	NC_017468	GAAAA	2	10	458	467	80 %	0 %	20 %	0 %	385814793
9	NC_017468	AGA	2	6	515	520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814793
10	NC_017468	TGTC	2	8	523	530	0 %	50 %	25 %	25 %	385814793
11	NC_017468	AAG	2	6	536	541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814793
12	NC_017468	CAG	3	9	743	751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814793
13	NC_017468	AAG	2	6	839	844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814793
14	NC_017468	ATT	2	6	881	886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814793
15	NC_017468	AG	3	6	909	914	50 %	0 %	50 %	0 %	385814793
16	NC_017468	GTTT	2	8	928	935	0 %	75 %	25 %	0 %	385814793
17	NC_017468	ATC	2	6	1010	1015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814793
18	NC_017468	AAGA	2	8	1046	1053	75 %	0 %	25 %	0 %	385814793
19	NC_017468	TGA	2	6	1057	1062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814793
20	NC_017468	GCA	2	6	1081	1086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814793
21	NC_017468	CTT	2	6	1093	1098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814793
22	NC_017468	GCAAA	2	10	1156	1165	60 %	0 %	20 %	20 %	385814793
23	NC_017468	TGA	2	6	1243	1248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814793
24	NC_017468	TCG	2	6	1303	1308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814793
25	NC_017468	GCT	2	6	1365	1370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814793
26	NC_017468	GAA	2	6	1541	1546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814793
27	NC_017468	AAGA	2	8	1573	1580	75 %	0 %	25 %	0 %	385814793
28	NC_017468	TCA	2	6	1603	1608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814793
29	NC_017468	CAG	2	6	1629	1634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814793
30	NC_017468	AAAT	2	8	1674	1681	75 %	25 %	0 %	0 %	385814793
31	NC_017468	AGAA	2	8	2170	2177	75 %	0 %	25 %	0 %	385814794
32	NC_017468	ACT	2	6	2178	2183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814794
33	NC_017468	ACA	2	6	2187	2192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814794
34	NC_017468	AAT	2	6	2216	2221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814794
35	NC_017468	ATA	2	6	2295	2300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814794
36	NC_017468	CAA	2	6	2368	2373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814794
37	NC_017468	T	6	6	2411	2416	0 %	100 %	0 %	0 %	385814794
38	NC_017468	A	7	7	2417	2423	100 %	0 %	0 %	0 %	385814794
39	NC_017468	GTC	2	6	2934	2939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814795
40	NC_017468	TGCC	2	8	2980	2987	0 %	25 %	25 %	50 %	385814795
41	NC_017468	TGT	2	6	3006	3011	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814795
42	NC_017468	ATC	2	6	3020	3025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814795
43	NC_017468	CTG	2	6	3062	3067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814795
44	NC_017468	TGC	2	6	3087	3092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814795
45	NC_017468	GAT	2	6	3101	3106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814795
46	NC_017468	ATG	2	6	3147	3152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814795
47	NC_017468	TCA	2	6	3160	3165	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814795
48	NC_017468	GTT	2	6	3272	3277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814795
49	NC_017468	T	6	6	3340	3345	0 %	100 %	0 %	0 %	385814795
50	NC_017468	AAT	2	6	3390	3395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814795
51	NC_017468	T	6	6	3630	3635	0 %	100 %	0 %	0 %	385814796
52	NC_017468	GCAAA	2	10	3649	3658	60 %	0 %	20 %	20 %	385814796
53	NC_017468	AAG	2	6	3659	3664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814796
54	NC_017468	T	6	6	3708	3713	0 %	100 %	0 %	0 %	385814796
55	NC_017468	TTG	2	6	3890	3895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814796
56	NC_017468	AATAAA	2	12	3975	3986	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385814796
57	NC_017468	TTC	2	6	4008	4013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814796
58	NC_017468	TTA	2	6	4019	4024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814796
59	NC_017468	TTC	2	6	4038	4043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814796
60	NC_017468	ATC	2	6	4149	4154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814796
61	NC_017468	CAG	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814796
62	NC_017468	CTT	2	6	4172	4177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814796
63	NC_017468	T	6	6	4183	4188	0 %	100 %	0 %	0 %	385814796
64	NC_017468	A	6	6	4230	4235	100 %	0 %	0 %	0 %	385814796
65	NC_017468	GCAAT	2	10	4295	4304	40 %	20 %	20 %	20 %	385814796
66	NC_017468	ATTT	2	8	4311	4318	25 %	75 %	0 %	0 %	385814796
67	NC_017468	CTT	3	9	4463	4471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814796
68	NC_017468	ATT	3	9	4492	4500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814796
69	NC_017468	T	6	6	5093	5098	0 %	100 %	0 %	0 %	385814797
70	NC_017468	TGA	2	6	5130	5135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814797
71	NC_017468	ATG	2	6	5147	5152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814797
72	NC_017468	TTC	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814797
73	NC_017468	ATCA	2	8	5425	5432	50 %	25 %	0 %	25 %	385814797
74	NC_017468	TCA	2	6	5439	5444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814797
75	NC_017468	TGA	2	6	5481	5486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814797
76	NC_017468	GGC	2	6	5513	5518	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385814797
77	NC_017468	ACC	2	6	5590	5595	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814797
78	NC_017468	AGCT	2	8	5795	5802	25 %	25 %	25 %	25 %	385814797
79	NC_017468	CAG	2	6	5827	5832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814797
80	NC_017468	AAG	2	6	5912	5917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814797
81	NC_017468	ATT	2	6	5951	5956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814797
82	NC_017468	GGC	2	6	6006	6011	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385814797
83	NC_017468	CAC	2	6	6022	6027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814797
84	NC_017468	CAA	2	6	6154	6159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814797
85	NC_017468	CAA	2	6	6247	6252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814797
86	NC_017468	ATTT	2	8	6257	6264	25 %	75 %	0 %	0 %	385814797
87	NC_017468	TGAT	2	8	6308	6315	25 %	50 %	25 %	0 %	385814797
88	NC_017468	TTA	2	6	6364	6369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814797
89	NC_017468	GGC	2	6	6373	6378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385814797
90	NC_017468	ATT	2	6	6449	6454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814798
91	NC_017468	GCG	2	6	6481	6486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385814798
92	NC_017468	T	6	6	6548	6553	0 %	100 %	0 %	0 %	385814798
93	NC_017468	T	7	7	6782	6788	0 %	100 %	0 %	0 %	385814799
94	NC_017468	ATG	2	6	6813	6818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814799
95	NC_017468	CAG	2	6	6873	6878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814799
96	NC_017468	CAA	2	6	6906	6911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814799
97	NC_017468	AAC	2	6	6996	7001	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814799
98	NC_017468	CAC	2	6	7019	7024	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814799
99	NC_017468	CAA	2	6	7311	7316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814800
100	NC_017468	ATG	2	6	7334	7339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814800
101	NC_017468	TAA	2	6	7380	7385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814800
102	NC_017468	AAC	2	6	7416	7421	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385814800
103	NC_017468	TTCA	2	8	7449	7456	25 %	50 %	0 %	25 %	385814800
104	NC_017468	ATA	2	6	7510	7515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814800
105	NC_017468	ATT	2	6	7545	7550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814800
106	NC_017468	TCA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814800
107	NC_017468	CTG	2	6	7632	7637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385814800
108	NC_017468	GAT	2	6	7667	7672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814800
109	NC_017468	ATT	2	6	7744	7749	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814800
110	NC_017468	TAA	3	9	7869	7877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814800
111	NC_017468	CAC	2	6	7929	7934	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814800
112	NC_017468	CAT	2	6	7970	7975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814800
113	NC_017468	TAA	2	6	8021	8026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814800
114	NC_017468	TG	3	6	8048	8053	0 %	50 %	50 %	0 %	385814800
115	NC_017468	GTT	2	6	8257	8262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814801
116	NC_017468	GTT	2	6	8296	8301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814801
117	NC_017468	CAT	2	6	8332	8337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814801
118	NC_017468	ATTT	2	8	8341	8348	25 %	75 %	0 %	0 %	385814801
119	NC_017468	TGT	2	6	8364	8369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814801
120	NC_017468	TTGC	2	8	8377	8384	0 %	50 %	25 %	25 %	385814801
121	NC_017468	TTG	3	9	8390	8398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814801
122	NC_017468	TTA	2	6	8415	8420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814801
123	NC_017468	T	6	6	8439	8444	0 %	100 %	0 %	0 %	385814801
124	NC_017468	CTT	2	6	8470	8475	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814801
125	NC_017468	TTG	2	6	8520	8525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385814801
126	NC_017468	GAGT	2	8	8597	8604	25 %	25 %	50 %	0 %	385814801
127	NC_017468	CCA	2	6	8778	8783	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814801
128	NC_017468	AAT	2	6	8881	8886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814801
129	NC_017468	TA	3	6	8899	8904	50 %	50 %	0 %	0 %	385814801
130	NC_017468	TGA	2	6	8919	8924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814801
131	NC_017468	GC	3	6	9024	9029	0 %	0 %	50 %	50 %	385814801
132	NC_017468	GGT	2	6	9035	9040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385814801
133	NC_017468	CTT	2	6	9071	9076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814801
134	NC_017468	AAT	2	6	9077	9082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814801
135	NC_017468	ATCAA	2	10	9192	9201	60 %	20 %	0 %	20 %	385814801
136	NC_017468	ATG	2	6	9218	9223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385814801
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138	NC_017468	CTC	2	6	9356	9361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385814802
139	NC_017468	ATA	2	6	9464	9469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814802
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141	NC_017468	AATCAA	2	12	9689	9700	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385814803
142	NC_017468	T	6	6	9750	9755	0 %	100 %	0 %	0 %	385814803
143	NC_017468	AGGTA	2	10	9846	9855	40 %	20 %	40 %	0 %	385814803
144	NC_017468	CTTG	2	8	9866	9873	0 %	50 %	25 %	25 %	385814803
145	NC_017468	TTTA	2	8	9897	9904	25 %	75 %	0 %	0 %	385814803
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149	NC_017468	TGAT	2	8	9964	9971	25 %	50 %	25 %	0 %	385814803
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160	NC_017468	ATTT	2	8	10404	10411	25 %	75 %	0 %	0 %	385814803
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250	NC_017468	TTCT	2	8	16112	16119	0 %	75 %	0 %	25 %	385814808
251	NC_017468	AAAAT	2	10	16179	16188	80 %	20 %	0 %	0 %	385814808
252	NC_017468	TCA	2	6	16203	16208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814808
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261	NC_017468	T	6	6	17334	17339	0 %	100 %	0 %	0 %	385814810
262	NC_017468	CCA	2	6	17357	17362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814810
263	NC_017468	ATC	2	6	17473	17478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814810
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395	NC_017468	TCCA	2	8	24493	24500	25 %	25 %	0 %	50 %	385814815
396	NC_017468	A	6	6	24505	24510	100 %	0 %	0 %	0 %	385814815
397	NC_017468	T	6	6	24519	24524	0 %	100 %	0 %	0 %	385814815
398	NC_017468	T	7	7	24611	24617	0 %	100 %	0 %	0 %	385814815
399	NC_017468	GCA	2	6	24649	24654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385814815
400	NC_017468	ATT	2	6	24702	24707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814815
401	NC_017468	TCA	2	6	24725	24730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814815
402	NC_017468	CCA	2	6	24775	24780	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385814816
403	NC_017468	TTC	2	6	24803	24808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814816
404	NC_017468	TCTT	2	8	24815	24822	0 %	75 %	0 %	25 %	385814816
405	NC_017468	AATTT	2	10	24873	24882	40 %	60 %	0 %	0 %	385814816
406	NC_017468	AGA	2	6	24973	24978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385814816
407	NC_017468	CTA	2	6	24999	25004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814816
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409	NC_017468	ATC	2	6	25060	25065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385814816
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411	NC_017468	TTC	2	6	25117	25122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814816
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413	NC_017468	CTT	2	6	25167	25172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814816
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417	NC_017468	AAT	2	6	25395	25400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385814817
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427	NC_017468	GCTCT	2	10	25939	25948	0 %	40 %	20 %	40 %	385814817
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430	NC_017468	TTC	2	6	26146	26151	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385814817
431	NC_017468	ATT	2	6	26194	26199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385814817
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433	NC_017468	T	6	6	26272	26277	0 %	100 %	0 %	0 %	385814817
434	NC_017468	A	6	6	26307	26312	100 %	0 %	0 %	0 %	385814817

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.